AlphaFold2

AlphaFold2 是谷歌旗下 DeepMind 开发的蛋白质结构预测算法，2020 年在 CASP14 大赛中首次将预测精度做到接近实验水平，被峰瑞资本评价为"甚至是最近十年最重要的生命科学突破"。它的核心思路是纯粹数据驱动：输入蛋白质序列的多序列比对（MSA）数据，通过 Transformer 架构直接输出三维结构，不依赖任何物理模型。这一方法实现了万倍以上的效率跃升——人类用 60 年实验手段测得 20 万个蛋白结构，AlphaFold2 在不到 3 年里预测了数亿个。

不过早期它也显露出局限性：表现不够稳定，对全新蛋白的预测可靠性难以预判；对巨型蛋白质复合体、以及蛋白与 DNA/RNA/小分子结合形成的复合物，能力仍有待检验。此后 AlphaFold3 进一步扩展了预测范围，从单一蛋白覆盖到所有生命分子的相互作用。2024 年，开发 AlphaFold 的科学家获得诺贝尔化学奖。